Desarrollo y aplicación de nuevos métodos para el análisis genómico, metagenómico, epidemiológico y evolutivo aplicados a la investigación de enfermedades de base infecciosa o que están asociadas a cambios en la microbiota, así como el estudio sistemático de las mismas, particularmente en la Comunidad Valenciana.
En el área de Genómica y Salud se lleva a cabo una investigación básica y no orientada sobre microorganismos de interés en salud humana, con la finalidad la posibilidad de proponer pautas de actuación a la administración sanitaria en relación a determinados patógenos, enfermedades relacionadas con la alteración de las microbiotas y brotes epidémidos.
El objetivo genérico de los estudios en genómica, metagenómica, evolución y epidemiología molecular de organismos y/o comunidades microbianas es la identificación, secuenciación y análisis comparado y evolutivo de los mismos. Entre los objetivos prácticos se pretende la identificación de los factores genéticos y metabólicos asociados a la patogenicidad, la determinación de los genes o elementos accesorios responsables de la virulencia, de las propiedades antigénicas relevantes para la vacunación contra los mismos o resistencia a tratamientos, la evaluación de las rutas de transmisión, etc.